电控发动机在使用过程中会出现故障，在故障诊断过程中，维修技术人员需要借助故障诊断仪、万用表、示波器等仪器或设备来找出故障根源，并通过相应手段维修以恢复发动机的使用性能。可以根据电控发动机的故障诊断流程，即车辆问诊、症状确认、直观检查、读取故障码诊断、数据流读取、检测测量、调整检修和试车验证等，逐项进行分析。其中连接故障诊断仪查询故障码，要对读出的永久性故障码或偶发性故障码进行记录，然后清除故障码，启动发动机，等冷却液温度达到80°C以上，发动机高速运转几秒钟，创造故障再现的条件，再次查询故障码并做记录。